Reka bentuk logo UniSHAMS melambangkan aspirasi serta terjemahan visi dan misi dalam memartabatkan kecemerlangan bidang ilmu duniawi dan ukhrawi melalui integrasi ilmu dan kebijaksanaan secara berterusan
Al-Quran
Merupakan sumber tertinggi ilmu pengetahuan yang syumul dan menjadi panduan, pegangan dan petunjuk bagi seluruh umat manusia, Ia juga menjadi rujukan utama ilmuwan UniSHAMS dalam menjana kecemerlangan dan pembangunan ummah secara komprehensif, Kedudukan simbol Al-Quran di tengah-tengah logo melambangkannya sebagai punca kuasa utama yang menjadi pegangan UniSHAMS. Ianya juga melambangkan kebijaksanaan, kekuasaan dan kebesaran Allah S.W.T.
Kubah Masjid
Melambangkan UniSHAMS sebagai sebuah Institusi Pendidikan Tinggi Islam dan pusat ilmu pengetahuan untuk membentuk dan melahirkan ilmu yang holistik dan profesional berakhlak mulia.
Bunga Padi
Melambangkan kemasyhuran Negeri Kedah yang terkenal sebagai jelapang Padi Malaysia dan UniSHAMS sebagai sebuah Institusi Pendidikan Tinggi Islam milikan Kerajaan Negeri Kedah Darul Aman yang dikenali seantero dunia.
Perisai
Melambangkan simbol perpaduan, kekuatan, keteguhan UniSHAMS yang mempertahankan Pengajian Islam dalam membentuk komuniti ilmiah bertunjangkan akidah Islamiah melalui islamisasi ilmu pengetahuan.
Bulatan
Melambangkan UniSHAMS sebagai sebuah Institusi Pendidikan Tinggi Islam yang terulung dan bertaraf global, serta menerima pelajar dari serata pelusuk dunia dan dari pelbagai golongan dan lapisan masyarakat.
Warna Ungu
Melambangkan kekuasaan, kekuatan, kebenaran, kemampuan dan kepercayaan.
Warna Kuning Keemasan
Melambangkan keaslian, kebijaksanaan, aspirasi dan cita-cita.
