Idea penubuhan INSANIAH ini tercetus apabila dua orang Pegawai Tinggi kerajaan negeri, pada tahun 1993 iaitu Yang Berhormat Dato' Paduka Hj. Ahmad Basri Mohd Akil, Setiausaha Kerajaan Negeri Kedah dan Tuan Hj. Sukri Hashim, Pengurus Besar Yayasan Islam Negeri Kedah (YIK) telah mengadakan lawatan ke Kaherah Mesir, untuk meninjau pelajar Kedah yang menuntut di Universiti Al-Azhar dan meneliti kebajikan mereka. Bermula dari sini, timbul cadangan untuk dikemukakan kepada kerajaan negeri, mewujudkan sebuah pusat pengajian tinggi Islam di negeri Kedah Darul Aman.

Sehubungan itu, Yang Amat Berhormat Menteri Besar Kedah Darul Aman ketika itu, Tan Sri Dato' Sri Hj. Osman Hj. Arof telah mengarahkan agar dibuat satu kertas kerja yang berkonsepkan penubuhan Institut Pengajian Tinggi Islam di negeri Kedah yang melaksanakan satu program berkembar dengan Universiti Al-Azhar, Mesir dan mengadakan lawatan kerja bagi membuat perundingan awal ke Universiti Al-Azhar pada 26 hingga 31 Mac 1994.

Pihak Universiti al-Azhar pula telah membuat lawatan balas ke Negeri Kedah pada 1 hingga 7 September 1994 yang diketuai oleh Rektornya Tuan Yang Terutama Prof. Dr. Abdul Fatah Al-Syeikh Husaini sehinggalalah perjanjian kerjasama MoU telah ditandatangani di Wisma Darul Aman, Kedah oleh bekas Menteri Besar Kedah, Tan Sri Dato' Seri Hj. Osman Hj. Aroff dengan Rektor Universiti Al-Azhar, Prof. Dr. Abd Fattah Husaini El-Syeikh pada 3hb September 1994.

Susulan daripada usaha murni ini Dewan Undangan Negeri Kedah telah meluluskan penubuhan INSANIAH ini, pada 7 Disember 1994 di bawah enakmen Bil 4 Tahun 1995 dan kemudiannya diwartakan pada 22 Jun 1995.

Institusi tersebut dinamakan dengan 'Institut Agama Islam Negeri Kedah Darul Aman' atau nama singkatannya ialah INSANIAH. Nama institut ini dalam bahasa Arab pula ialah 'Al Jamiah Al Islamiah Al Hukumiah Bi Kedah Darul Aman'.

INSANIAH ketika itu, telah diberikan status (Institusi Pendidikan Tinggi Kerajaan [IPTK]) oleh Kementerian Pendidikan Malaysia serta berdaftar di bawah Akta Pendidikan 1996 dengan nombor pendaftaran K/IPTK/07 (021). INSANIAH juga mempunyai sebuah badan eksekutif yang dikenali sebagai Majlis Insaniah yang berfungsi sebagai badan yang mengelola, mengawal dan mentadbir INSANIAH. Majlis Insaniah ini, dipengerusikan oleh Yang Amat Berhormat Menteri Besar Kedah Darul Aman.

INSANIAH memulakan operasinya pada 2 Januari 1996 dan pada ketika itu hanya menjalankan program Pengajian Islam secara berkembar dengan Universiti Al-Azhar, Mesir yang menawarkan program peringkat pengajian ijazah pertama iaitu di dalam bidang Usuluddin, Syariah dan Bahasa Arab. Tenaga pengajarnya pula pada ketika itu hanya 9 orang pensyarah yang bertaraf Profesor Madya yang terdiri daripada 6 orang daripada Universiti Al-Azhar, seorang daripada Indonesia dan 2 orang daripada Malaysia. Jumlah pengambilan pertama seramai 43 orang pada sesi 1995/1996.

Pada peringkat awal penubuhan INSANIAH, la telah ditempatkan di kampus sementara di No 45, Lorong Perak 18, Seri Mergong, 05150 Alor Setar Kedah. Kampus ini terletak di kawasan Taman Perindustrian Ringan Mergong, lebih kurang 1.5 Kilometer daripada bandar Alor Setar, Kedah Darul Aman.

Pada bulan Januari 1998, INSANIAH diberi peruntukkan oleh kerajaan negeri yang bernilai sekitar RM 7 juta, dengan membeli dua blok bangunan yang bertempat di Taman Wira Mergong, Jalan Sultanah, 05350 Alor Setar, Kedah Darul Aman.

Pada tahun 2004 INSANIAH telah diperuntukan oleh kerajaan negeri sebanyak RM 7.3 juta untuk membina bangunan tambahan 2 blok 4 tingkat di kampus induknya.

Pada bulan Mei 2000, INSANIAH telah mengorak langkah lagi dengan tertubuhnya kampus kedua di Jalan Istana Kuning, Alor Setar yang dinamakan sebagai Kampus Cawangan Kulliyyah Pengurusan untuk menyelaraskan program Diploma Pengurusan dan Diploma Perakaunan yang memulakan sesi pengajian pada sesi 2000/2001 pada 11 Ogos 2000. Setahun kemudian INSANIAH menawarkan Diploma Teknologi Maklumat yang bermula sesi pengajiannya pada sesi 2001/2002. Kesemua program yang ditawarkan ini merupakan kawal selia daripada Universiti Utara Malaysia (UUM).

INSANIAH juga telah diberi lagi pengiktirafan iaitu pada bulan Januari 2001 pihak Kerajaan Negeri Kedah telah membuat satu keputusan dengan menukar pentadbiran Ma'ahad Tahfiz Al-Quran (MTAQ) Negeri Kedah Darul Aman yang beroperasi semenjak tahun 1985 berada di bawah Yayasan Islam Negeri Kedah (YINK) dan Majlis Agama Islam Negeri Kedah (MAIK) kepada INSANIAH.

Perkembangan INSANIAH bukan sahaja dari sudut fizikal bahkan perancangan diatur untuk menaiktaraf INSANIAH kepada Kolej Universiti melalui pelbagai bengkel strategik planning dan perjumpaan. Hasilnya pada 18 Mei 2006 INSANIAH telah medapat surat kelulusan untuk dinaiktaraf sebagai Kolej Universiti INSANIAH. Dato' Seri Mustafa Mohamed, Menteri Pengajian Tinggi pada ketika itu telah menyerahkan surat penawaran naik taraf kepada Prof. Dato' Dr. Sayyid Muhammad Aqil bin Ali al Mahdaly Rektor INSANIAH pada ketika itu bertempat di Cinta Sayang Golf and Country Club Sungai Petani. Bermula dari detik itu INSANIAH mengalami transformasi besar-besaran dengan kemasukan ramai pelajar termasuk dari luar negara.

Pada era YAB Menteri Besar Kedah, Tan Sri Dato' Seri Diraja Ustaz Haji Azizan Bin Abdul Razak menjadi Pengerusi Lembaga Pengarah INSANIAH, beliau telah melantik Prof. Dato' Dr. Jamil Osman sebagai Rektor INSANIAH yang keempat pada 1 Mei 2008. INSANIAH terus mengorak langkah kehadapan apabila pada sepanjang tahun 2009, INSANIAH menawarkan sebanyak 40 program pengajian merangkumi daripada peringkat asasi sehingga PhD berbanding 7 program sahaja sebelum itu. Sebanyak 4 Kulliyyah dan Pusat akademik baru ditubuhkan iaitu Kulliyyah Kejuruteraan dan Teknologi, Kulliyyah Kejururawatan, Pusat Pengajian Siswazah dan Penyelidikan dan Pusat Pengajian Asasi.

INSANIAH juga telah membuka kampus cawangan barunya di Bandar Aman Jaya Sungai Petani setelah mendapat kelulusan menjalankan operasi kampus cawangan pada 1 Januari 2009 yang disampaikan oleh Dr. Zubaidah binti Aman, Ketua Penolong Pengarah Jabatan Pengajian Tinggi Malaysia. Hasilnya pelajar sulung kampus Sungai Petani mula mendaftarkan diri pada bulan 19 Januari 2009 dalam bidang Multimedia dan Kreatif.

Pada Majlis penuh istiadat Konvokesyen ke 10 iaitu pada 12 Ogos 2008. KDYMM Tuanku Sultan Kedah telah dimahsyurkan sebagai Canselor Kolej Universiti INSANIAH. Pada majlis yang sama juga Dato' Dr Abdul Halim Ismail telah dilantik sebagai Pro Canselor 1 INSANIAH yang pertama serta Dato’ Dr. Afifuddin Omar juga telah dilantik sebagai Pro Canselor 2 INSANIAH yang pertama

Pada 18 Februari 2009 INSANIAH terus memahat sejarah apabila impian untuk mendapat kampus yang lebih kondusif dan selesa mula berjalan mengikut perancangan dengan majlis pecah tanah kampus tetap INSANIAH Kuala Ketil disempurnakan oleh YAB Tan Sri Dato' Seri Diraja Ustaz Haji Azizan Bin Abdul Razak. Tanah seluas 832 ekar dijangka akan siap fasa pertama pada 2012.

Kolej Universiti INSANIAH (KUIN) telah bertukar status secara rasmi sebagai Universiti Islam Antarabangsa Sultan Abdul Halim Mu'adzam Shah (UniSHAMS) selepas menerima Perakuan Pendaftaran daripada Kementerian Pendidikan Tinggi pada 5 Februari 2018. Perakuan Pendaftaran itu diserahkan oleh Ketua Pengarah Pendidikan Tinggi YBhg Datin Paduka Datuk Prof Ir Dr Siti Hamisah Tapsir kepada Rektor UniSHAMS ke-6 iaitu Prof Dato’ Dr Mohd Fakhrudin Abdul Mukti pada satu majlis pada 8hb Februari 2018. Ia turut disaksikan oleh Menteri Pendidikan Tinggi, Dato’ Seri Idris Jusoh; Menteri Besar Kedah, Dato’ Seri Diraja Ahmad Bashah Md Hanipah merangkap Pengerusi Lembaga Pengarah UniSHAMS; Ahli Parlimen Baling Datuk Seri Panglima Abdul Azeez Abdul Rahim; Pengerusi Jawatankuasa Pendidikan, Pengangkutan dan Badan Bukan Kerajaan (NGO) Kedah dan Datuk Tajul Urus Mat Zain merangkap Ahli Lembaga Pengarah UniSHAMS.

UniSHAMS adalah sebuah IPTS milik kerajaan negeri Kedah yang mempunyai 6 Kulliyyah dan 2 Pusat Pengajian. Ia juga menawarkan 42 kursus pengajian di pelbagai peringkat pengajian bermula di peringkat Asasi hingga ke peringkat tertinggi iaitu Doktor Falsafah. Manakala jumlah terkini pelajar UniSHAMS adalah seramai 4,082 orang semuanya.